Bei der Gestaltung von betrieblichen oder zwischenbetrieblichen Anwendungssystemen geht es um die Frage, wie mit neuen Algorithmen, neuen technischen Möglichkeiten, veränderten Prozessen, veränderter Integration oder einem neuen organisatorischen Verbund Lösungen verbessert oder gegenüber der vorhandenen Situation sinnvoll weiter automatisiert oder ganz neue Lösungen oder Geschäftsmodelle angeboten werden können. Wichtig ist uns dabei nicht nur die Konzeption, es geht auch darum, die damit einhergehenden Veränderungen zu bewerten.
Bei der Einführung von Anwendungssystemen steht im Mittelpunkt, wie der Einführungs- und/oder Migrationsprozess möglichst effizient und erfolgreich gestaltet werden kann. Daraus lassen sich auch Rückschlüsse auf vorteilhafte Softwarearchitekturen (Service Oriented Architecture, Software as a Service usw.) und Betriebsformen für Anwendungssysteme (z.B. Application Service Providing, Cloud Computing) ableiten.
Beim Betrieb der Anwendungssysteme stehen zumeist Analysen zum Einsatz, zur Akzeptanz und zu den Wirkungen der IT-Lösungen im Vordergrund. Dabei sind die Untersuchungen methodisch stark empirisch ausgerichtet.
Neben neuen wissenschaftlichen Erkenntnissen ist es ein Anliegen der Professur den Wissensaustausch zwischen Theorie und Praxis voranzutreiben.

Die Forschung konzentriert sich inhaltlich auf die Themengebiete:
- Innovative Technologien und Architekturen (ITA),

- Informationssysteme bei Finanzdienstleistern (ISF),
- Konvergente Märkte der Internetökonomie (KMI),
- Resourcenschonung durch IT-Einsatz (RSI) und
- Wissens- und Bildungsmanagement (WBM).

Im Aufgabengebiet der Aus- und Weiterbildung der Studenten ist es der Professur für Anwendungssysteme und E-Business ein Anliegen, den Studierenden ein umfassendes und solides Wissen zur Wirtschaftsinformatik, Informatik und Unternehmensforschung zu vermitteln. Die Studierenden sollen befähigt werden, Probleme zu erkennen und selbständig geeignete Lösungen hierfür zu entwickeln. Die Vermittlung methodischer Grundlagen erfolgt in Basisveranstaltungen wie z. B. „Management der Informationssysteme“ oder anspruchsvollen Projektseminaren. Zahlreiche weiterführende Veranstaltungen vermitteln das Know-how im Bereich der Gestaltung von Informationssystemen in verschiedenen Branchen, wie z. B. Banken und Versicherungen, Medienunternehmen oder Industrieunternehmen. Über das Verbundprojekt Winfoline bietet die Abteilung den Göttinger Studierenden auch ergänzende Wirtschaftsinformatik-Lehrveranstaltungen aus Saarbrücken, Leipzig und Kassel an. Über den Niedersächsischen Verband Atlantis werden Lehrveranstaltungen mit Braunschweig, Claustal-Zellerfeld, Hannover, Oldenburg und Osnabrück ausgetauscht. Damit sind für die Studierenden sehr viele Möglichkeiten gegeben, spezielle Schwerpunkte in der Wirtschaftsinformatik zu wählen und sich darin besonders zu vertiefen. Zudem ist die Abteilung seit dem WS 2002 als eine der ersten wissenschaftlichen Einrichtungen der Georg-August-Universität Göttingen an einem gebührenpflichtigen Weiterbildungsstudiengang (Master of Science in Information Systems) beteiligt.