Am 24. November 1828 gründeten Aimé Henry und Max Cohen im gerade zur Universitätsstadt gewordenen Bonn eine lithographische Anstalt und (wenig später) eine Verlagsbuchhandlung. Damit beginnt die Geschichte des heutigen Bouvier Verlags, der ebenso wie die heutige Universitätsbuchhandlung Bouvier im Jahr 2003 auf sein 175-jähriges Bestehen zurückblicken kann.

In den Anfangsjahrzehnten des Bouvier Verlags, der damals als "Verlag von Henry und Cohen" firmierte, war die 1818 vom preußischen König Friedrich Wilhelm III. gestiftete Universität in doppelter Hinsicht für den Verlag förderlich: Hier konnten wichtige Autoren und ein breites, anspruchsvolles Leserpotential gewonnen werden. Im 19. Jahrhundert wurde vorwiegend auf naturwissenschaftlichem Gebiet veröffentlicht, und es entstanden zahlreiche botanische, geologische, zoologische und medizinische Werke. Daneben wurden aber auch Werke von Gottfried Kinkel und Karl Simrock verlegt. Das Programm wurde dann um theologische, altphilologische und regionale Themen erweitert. 1861 war die Familie Henry aus dem Unternehmen ausgeschieden, nach Max Cohens Tod 1891 führte sein Sohn Friedrich Cohen den Verlag als "Verlag von Friedrich Cohen" zu großer Blüte.

Das 20. Jahrhundert brachte die Hinwendung zu geisteswissenschaftlichen Themen. Aus dem gesamten Jahrhundert sprechen Autorennamen wie Jürgen Habermas, Martin Heidegger, Ludwig Klages (Gesamtwerk), Michael Landmann, Helmuth Plessner, Erich Rothacker, Max Scheler (Gesamtwerk), Hermann Schmitz (Gesamtwerk Philosophie) und Ernst Robert Curtius (Romanistik) für sich. Ab 1912 leitete Max Cohens Enkel, Fritz Cohen, das Unternehmen, nach seinem Tod 1927 trat seine Witwe, Hedwig Cohen, geb. Bouvier, die Nachfolge an. 1933 geriet das Unternehmen durch die nationalsozialistischen Boykottmaßnahmen in wirtschaftliche Schwierigkeiten und war gezwungen, fast alle Verlagsbestände und Verlagsrechte zu verkaufen. Obwohl selbst keine Jüdin, nahm Frau Cohen-Bouvier 1938 ihren Mädchennamen wieder an und firmierte den Verlag ebenso wie die Buchhandlung in "H. Bouvier u. Co." um.

Im März 1938 wurde Herbert Grundmann (1913-1981) als neuer Geschäftsführer eingestellt. Herbert Grundmann erwarb nach dem Zusammenbruch des "Dritten Reiches" 1945 die Verlagslizenz und knüpfte mit der Produktion an die Vorkriegstraditionen an, wobei er einen Teil der alten Rechte zurückkaufte. Seit 1953 Alleininhaber, machte Herbert Grundmann den Bouvier Verlag (damals noch als "Bouvier Verlag Herbert Grundmann") ebenso wie die Buchhandlung zu einer bis in die Gegenwart reichenden Größe, die sein Sohn, Thomas Grundmann, seit 1981 als Firmeninhaber fortsetzt. Wie schon bis zum 31. Dezember 1986, ist der Bouvier Verlag seit dem 1. Januar 2003 wieder eine eigenständige Firma (heute als "Bouvier Verlag/ Universitätsbuchhandlung Bouvier Verpachtungs GmbH").

Doch nicht nur rechtlich, sondern auch inhaltlich hat sich das Verlagsprofil in den Jahrzehnten gewandelt. Wurden bis in die achtziger Jahre fast ausschließlich Dissertationen veröffentlicht, sind es nun mehr und mehr Publikationen aus den Bereichen Politik, Zeitgeschichte und Regionalia (Rhenania). Seit 1973 publiziert der Verlag auch Werke in englischer Sprache, die für den internationalen Markt bestimmt sind. 1982 wurde dem Verlagsprogramm die Edition Röhrscheid durch Kauf hinzugefügt und damit eine Erweiterung des Programms um regionale und historische Themen und Reihen (Titel zur Geschichte des Rheinlandes, Publikationen des Deutschen Historischen Institutes in Paris, u.a.) vorgenommen. Seit dem Umzug von Parlament und Regierung von Bonn nach Berlin liegt der Schwerpunkt des Verlages insbesondere auf regionalen und regionalhistorischen Titeln.