勸奉堂製藥前身為＜勸奉堂藥房＞，於西元１９０５年（日治明治３８年）在台北艋舺天后宮（啟天宮）旁，仁濟院對面之龍山寺町三丁目五十三番地（台北市萬華區廣州街２４９號）由國醫劉石泉（清朝淡水衙門師爺）輔導下由黃石頭先生開設，並製售“牛標”目藥膏、胃腸藥，至１９７１年（民國６０年）間，牛標目藥膏在台普及暢銷，廣受醫藥界支持及鼓勵，並造福良多患者。
1974年元月，為擴大營業，改組為勸奉堂製藥股份有限公司，遷廠至台北市士林區社子街22巷22弄33號。
1975年7月，取得藥廠許可證，核准製造藥品，劑型為粉、膠囊、軟膏、眼藥水等。
1976年9月，獲准增加抗生素製劑 (軟膏、膠囊、眼藥水)、內服液、外用液、錠劑、丸劑等劑型。
1982年5月，政府訂定GMP 制度並公告實施，本公司即開始按GMP規範著手籌劃。
1991年2月,  通過GMP查廠評審。獲准製造中西藥劑型有軟膏、膠囊、顆粒、錠劑、丸劑、散劑等。  
1998年4月,  申請於桃園縣觀音鄉廣興村溝尾32-1號設立桃園廠，並於6月2日獲准設立。
2000年1月,  桃園廠動工建廠。
2001年1月,  桃園廠完工落成。
2001年7月20日桃園新廠接受硬體查廠。
2001年7月31日桃園廠獲准通過硬體查廠，並於8月9日取得工廠登記證。核定劑型有傳統劑型：碎片劑、外用粉劑、散劑、膠囊劑、丸劑、顆粒劑、錠劑、膜衣劑、內服液劑、外用液劑、膏藥劑等；濃縮劑型：散劑、膠囊劑、丸劑、顆粒劑、錠劑、膜衣錠劑等。
2002年9月12日桃園廠申請軟體查廠。  
2002年10月28日桃園廠獲准通過GMP軟體查廠評鑑。
2004年2月獲核定增加製售食品及化妝品。