Historyczne Archiwum Państwowe w Szczecinie ma długą i ciekawą historię. Początki tej ważnej humanistycznej instytucji wiążą się z dziejami Księstwa Pomorskiego, które uformowało się w początkach XII w, a rozpadło w połowie w XVII w. Historyczne archiwum istniało także na Pomorzu w okresie panowania szwedzkiego i brandenburskiego. Stało się profesjonalną placówką w okresie pruskim (początki XVIII w. do 1945 r.), dziedzicząc wcześniejsze zbiory.

Archiwum w Szczecinie formalnie utworzono w 1831 r. z siedzibą w byłym zamku książęcym (współcześnie Zamek Książąt Pomorskich). Do zasobu przejęto wówczas akta rejencji, sądów, różnych fundacji i archiwalia kościelne.

W 1900 r. pruskie władze centralne sfinansowały budowę nowego gmachu, w którym do dzisiaj archiwum ma swoją siedzibę. Własna siedziba umożliwiła archiwistom szczecińskim prowadzenie w szerszym zakresie niż dotychczas prac archiwalnych. Zaowocowało to m.in. przejęciem dużej ilości akt historycznych z terenu Pomorza. Dyrektorami placówki od 1901 r. byli kolejno: Karl Walter Friedensburg (1901–1913), Hermann Hoogeweg (1913–1923), Karl Otto Grotefend (1923–1930), Erich Randt (1930–1935), Adolf Diestelkamp (1935–1945).

Następstwem drugiej wojny światowej było znaczne rozproszenie zasobu. W 1942 r., w obawie przed skutkami nalotów bombowych, rozpoczęto ewakuację archiwaliów do wybranych miejscowości na terenie Pomorza. W konsekwencji z magazynów archiwalnych wywieziono ok. 80% zasobu.

Polska służba archiwalna rozpoczęła oficjalną działalność w Szczecinie 1 sierpnia 1945 r. Kierownictwo placówki objął Bolesław Tuhan-Taurogiński, przedwojenny archiwista, opiekun zbioru Radziwiłłów, który podjął trud gromadzenia rozproszonego zasobu. Tak oto po stronie polskiej i niemieckiej rozpoczął się proces zbierania rozproszonego zasobu i tworzenia dwóch jakby nowych, historycznych archiwów w oparciu o dawne zbiory szczecińskiego Staatsarchiv.

W końcu 1950 r. w magazynach archiwalnych zgromadzono ponad 4 tys. m.b. akt – obok dokumentacji władz i urzędów państwowych były tu akta miejskie, kościelne, a także różnych instytucji i stowarzyszeń. Część zasobu nie powróciła jednak do magazynów archiwalnych, została zniszczona lub zaginęła w nieznanych okolicznościach (np. Archiwum Miasta Szczecina), niektóre zaś historyczne dokumenty znalazły się w zbiorach Landesarchiv w Greifswaldzie. W 1950 r. archiwum przejęło pierwsze akta polskie.