Das MUT beherbergt in fast 50 Sammlungen zahlreiche Superlative und spektakuläre Objekte. Größtes Haus: Museum "Alte Kulturen" auf Schloss Hohentübingen.  Die Universität Tübingen verfügt mit ihren mehr als 530 Jahre alten Forschungs-, Lehr- und Schau-Sammlungen über einen herausragenden wissenschafts- und kulturgeschichtlichen Objektbestand. Diese außergewöhnlichen und fachlich stark ausdifferenzierten Sammlungen zeichnen sich vor allem durch ihr Alter, ihre universelle Vielfalt und bewahrte Vollständigkeit aus. Das MUT fungiert dabei als Dachorganisation über die 45 Sammlungen der Universität Tübingen – die größte Zahl an einer deutschen Universität.

Schon früh wurde begonnen, die Lehr- und Forschungsobjekte auch der Öffentlichkeit zugänglich zu machen. So entstanden beispielsweise im Jahr 1897 die Graphische Sammlung am Kunsthistorischen Institut, 1903 die Ausstellung der Paläontologischen Sammlung - eine der größten und bedeutendsten Europas - und schließlich 1997 das Museum im Schloss Hohentübingen mit seinen teilweise einzigartigen kultur- und altertumswissenschaftlichen Schätzen, wie beispielsweise den ältesten erhaltenen Kunstwerken der Menschheit, den Elfenbeinfiguren vom Vogelherd. Neben den zahlreichen Einzelsammlungen der Universität existiert eine Vielzahl von Objekten, die nicht in den bereits inventarisierten Sammlungsbeständen auftreten und dennoch als Wissenschaftsartefakte, als materialisierte Kultur- und Forschungsgeschichte der Universität eine große Rolle spielen. Die gesamten Bestände zu sichten, zu sichern und in einer gemeinsamen Sammlungsdatenbank zu erfassen, ist eine der dringlichsten Herausforderungen des Museums.

Die im Januar 2011 vom Wissenschaftsrat herausgegebenen „Empfehlungen zu wissenschaftlichen Sammlungen als Forschungsinfrastrukturen“ (Drs. 10464-11) nehmen insbesondere die organisatorische Konstruktion des MUT zum Vorbild für andere Universitätskustodien.

Derzeit arbeiten unter der Leitung von Prof. Dr. Ernst Seidl neben den jeweiligen Fachkustoden und Mitarbeitern in einzelnen Sammlungen - etwa im Schloss Hohentübingen - drei Wissenschaftliche Mitarbeiter, eine Wissenschaftliche Volontärin, zwei Verwaltungsangestellte und drei studentische Hilfskräfte am MUT.