Katolički bogoslovni fakultet Sveučilišta u Zagrebu slijedi razvoj filozofsko-teoloških studija koje je prije sedam i pol stoljeća u glavnom gradu Hrvatske Katolički bogoslovni fakultet Sveučilišta u Zagrebu slijedi razvoj filozofsko-teoloških studija koje je prije sedam i pol stoljeća u glavnom gradu Hrvatske pokrenuo zagrebački biskup Stjepan II. Babonić (1227-1247).

Jedan od njegovih nasljednika, blaženi Augustin Kažotić (1303-1322), osnovat će katedralnu školu s odsjecima »slobodnih umijeća« i teologije s naglaskom na studiju svetopisamskih, patrističkih i skolastičkih tekstova.

Poslijetridentsko sjemenište Jurja Draškovića (1563-1578) s humanističkom školom i isusovački kolegij (1633) na Gradecu, uz obilnu novčanu potporu biskupa Franje Erghelya (1628-1637) i kanonika Nikole Dijaneševića, velikog prepošta Zagrebačkoga kaptola, vode k uspostavi Akademije (1662. godine), koju car i kralj Leopold I. posebnom poveljom 23. rujna 1669. upisuje u generalne studije zemalja habsburške krune s pripadnim sveučilišnim pravima i povlasticama. Carsku povelju 3. studenoga 1671. ratificirao je Hrvatski sabor »salvis tamen iuribus et libertatibus Regni in suo vigore permanentibus«. Program iz 1673. godine predviđa teoretski i praktični dio studija na katedrama filozofije, dogmatske i moralne teologije, uz koje se postupno organiziraju katedre kanonskoga prava (1726/27), kontroverzistike (1747/48), biblijskih jezika, crkvene povijesti i govorništva (1757/58).

Poslije ukinuća isusovačkoga reda (1773) carica i kraljica Marija Terezija, preustrojila je zagrebački generalni studij u “Kraljevsku akademiju znanosti” s tri fakulteta: filozofskim, bogoslovnim i pravnim.

Od 1784. Bogoslovski fakultet djeluje u okviru Zagrebačkoga sjemeništa na Kaptolu, u kojem, uz postojeći teološki, nadbiskup Juraj Haulik 1853. otvara i dvogodišnji filozofski studij.

Na sjednici Hrvatskoga sabora, održanoj 11. ožujka 1869, izglasan je zakonski članak »ob utemeljenju sveučilišta u glavnom gradu Zagrebu« kojim se »Vladi zemaljskoj nalaže, da učini shodne korake, da se nadbiskupski licej zagrebački preustroji u fakultet teologijski«. »Prilozima cijelog naroda hrvatskoga« u Zagrebu je 1874. godine osnovano moderno Hrvatsko sveučilište, koje po ustrojnom zakonu od 5. siječnja iste godine i po otpisu cara Franje Josipa I. tri mjeseca poslije (5. IV. 1874) »ima otvoriti potpuni (četverogodišnji) bogoslovni fakultet«.

Pokretač osnivanja Hrvatskoga sveučilišta u Zagrebu bio je biskup Josip Juraj Strossmayer, a njegov je prvi rektor bio svećenik Matija Mesić, profesor hrvatske povijesti na Pravnomu fakultetu.

Značajna reorganizacija nastavnoga plana Bogoslovnoga fakulteta provedena je 1935. u skladu sa zahtjevima apostolske konstitucije “Deus scientiarum Dominus”. Novu “ratio studioroum” 1937. potvrdila je kongregacija za sjemeništa i sveučilišta, čime je Bogoslovni fakultet u Zagrebu izjednačila s crkvenim sveučilišnim ustanovama u svijetu, priznatima od Svete Stolice.